北東エリアの巨大都市Sにて行われた、データユニットをめぐる夜間の攻防戦。
熾烈を極めたその戦いが終わり、長い夜が明ける……

まだ残る街の黒煙が、あの夜間都市戦の激しさを物語る。
そう、その戦いは地球連合軍都市部警備隊の追撃から始まったのであった。

マクシオン軍特務部隊を追う地球連合軍は
市街地への被害を避けるため、周辺エリアを封鎖。

都市警備部隊を都市中心に集結させる地球連合軍。
降下部隊による増援で漁夫の利を得んとするバイロン軍。

データをめぐり激しい戦闘を繰り広げられる中、
アルトの強化発展型を改修した機体、
『アルトライズ（都市部警備隊仕様）』のセンサーが、
ついにアチェルビーを捕捉する。
徐々に追い詰められていくマクシオン軍特務部隊。

そのとき、潜伏していたマクシオン軍別動隊が動き出す。
暗闇から姿を見せる、電子戦特務部隊D/FLUXの特機『アチェルビー/NEX＝D』。

センサーを遮るビルの谷間で、特殊バイザーと4本のエネルギーブレードを駆使し、
地球連合軍、バイロン軍のエグザマクスを次々と葬っていく『アチェルビー/NEX＝D』。

追撃部隊を退け、離脱のため加速するマクシオン軍。

出遅れたバイロン軍は、『ポルタノヴァ【クルーザーキャノン】』を
市街地へ降下させ、形勢逆転を狙う。

友軍との合流を急ぐ、マクシオン軍特務部隊を足止めするため、
拠点攻撃用ミサイルによって、ビルを破壊し進路を塞ぐ『ポルタノヴァ【クルーザーキャノン】』。

【クルーザーキャノン】隊に対し、マクシオン軍が優勢かと思われた瞬間、
バイロン軍『キュイスノヴァ＝パルフェ』が、
データユニットを持つアチェルビーごと捕獲を試みる。

大型アームがアチェルビーを覆い、動きを止めた瞬間、
ビル屋上から放たれた一線の光が2機を貫く。

その光は、『アルトライズ（都市部警備隊仕様）』隊の大型バスターライフルから、
放たれた一撃であった。

地上に落ちていく、アチェルビー、『キュイスノヴァ＝パルフェ』。

地球連合軍がデータユニットを確保したことで、
ミッションに失敗したマクシオン軍、バイロン軍は、
市街地から撤退を開始するのであった。

マクシオン軍から、機密情報が入ったデータユニットを奪還し、
この夜間都市戦に勝利したのは、地球連合軍であった。

地球連合軍が必死に守り切ったデータユニットには、
以降の戦いを変える革新的な新機体の開発中データが入っていた。

データユニットをセントラルシステムに戻し、開発を完成段階へ推し進める地球連合軍。

この戦闘に勝利したことで、セントラルシステムによる
技術開発を加速させる地球連合軍。
それに対抗すべく、あらたな開発に向け動き出すバイロン軍。
マクシオン軍も、戦闘で得られたデータを元に次なる作戦へ動きだす。

戦闘を積み重ね、進化をつづける三勢力のエグザマクス。
三勢力が臨む次の戦場はどこか──────